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抗戰勝利後，陳寅恪再次應聘去牛津大學任教，並順便到倫敦治療眼睛，經英醫診治開刀，不僅無效，目疾反而加劇，最後下了雙目失明已成定局的診斷書。寅恪懷著失望的心情，辭去聘約，於是1949年返回祖國，任教於清華園，繼續從事學術研究。解放前夕，他到廣州，拒絕了國民黨中央研究院曆史語言研究所所長傅斯年要他去台灣、香港的邀聘，任教於廣州嶺南大學。院係調整，嶺南大學合並於中山大學。遂移教於中山大學。
解放後，他受到黨和政府的器重和無微不至的關懷，先後被先為中國科學院社會科學部委員、中國文史館副館長、第三屆全國政協常務委員等職（據《陳寅恪先生編年事輯》僅有中國科學院院長郭沫若函請陳寅恪任科學院哲學社會科學曆史研究所第二所長記載，並注明辭謝未就，薦陳垣代己。上述職務據《修水縣誌稿》），繼續任中山大學教授。自1956年，陳毅、陶鑄、周揚、胡喬木等中央領導人，都先後去看望過他。陶鑄尊重他的學識和人品，1957年親自關心他的助手配備和眼疾治療。1962年，他的右腿折跌骨，又給他派護士輪班照顧，在廣東知識界傳為美談。1962年，胡喬木前往看望，關心他的文集出版。他說：“蓋棺有期，出版無日。”胡喬木笑答：“出版有期，蓋棺尚早。”在助手的幫助下，他把《隋唐製度淵源論稿》、《唐代政治史述論稿》、《元白詩箋證稿》以外的舊文，編為《塞柳堂集》、《金明館叢稿》，並寫有專著《柳如是傳》，最後撰《唐柳堂記夢》。他的助手黃萱曾感慨地說：”寅師以失明的晚年，不憚辛苦、經之營之，鈞稽沉隱，以成此稿（即《柳如是別傳》）。其堅毅之精神，真有驚天地、泣鬼神的氣概”。
十年動亂期間，陳寅恪遭到殘酷折磨。使他最傷心的是，他珍藏多年的大量書籍、詩文稿，多被洗動。1969年10月7日在廣州含恨離開人世。
陳寅恪長期致力於教學和史學研究工作。他熱愛祖國，治學嚴肅認真，實事求是，在史學研究中寫出了高水平的史學著作，為人們開拓了曆史的視野，對我國史學研究做出了貢獻。一直受到人們的崇敬。寅恪不僅為大史學家，舊體詩亦卓然大家。他佩服陶（淵明）杜（甫）雖愛好李白及李義山詩，但不認為是上品。他特別喜好平民化的詩，故最推崇白居易，在他論再生緣中所以有“論詩我亦彈詞體”之句。有《詩存》問世。其平生著作，經過複旦大學中文係教授蔣天柱的整理、校勘，一套二卷、二百萬字的《陳寅恪先集》已於1979年編纂成冊，由上海古籍出版社出版。 治學理念
陳寅恪在1920年代倡導，為人治學當有“自由之思想，獨立之精神”。1953年已決定其為中國科學院曆史研究所第二所所長。在他1953年12月1日的《對科學院的答複》裏，提出就任所長的兩個條件。第一條：“允許中古史研究所不宗奉馬列主義，並不學習政治。”第二條：“請毛公或劉公給一允許證明書，以作擋箭牌。”並說：“其意是，毛公是政治上的最高當局，劉公是黨的最高負責人。我認為最高當局也應和我有同樣看法，應從我之說。否則，就談不到學術研究。”遂不能就任。仍任教於中山大學。此事於20世紀80年代方公之於世。
關於“恪”的讀音
按照商務印書館出版的《現代漢語詞典》（2002年增補本），“恪”應讀作“克”(拚音：Kè)。但有資料表明，由於陳寅恪是客家人，而“恪”在客家話中有“quó”的，因普通話（時稱“國語”）中無此音，於是到中國北方後，便被當然地稱為“yínquè”了。因襲相承，並成為習慣。所以，有學者認為，“陳寅恪”應讀作ChénYínquè。
不過，在使用漢語的人中間，知道這一點的人顯然為少數，包括陳寅恪本人也並不追究。因而，在使用普通話時，仍不妨將陳寅恪的“恪”讀作“克”(Kè)。況且，陳寅恪本人在1940年5月致英國牛津大學的英文親筆信的署名是“TschenYinKoh”。