自從萬曆二十一年癸巳京察開始，東林就開始利用京察清洗異己。當時吏部考功司的郎中東林元老趙南星竟然公開宣稱：“內察之典，六年一舉，君子疾邪，小人報怨，皆於此時。以言者之意，就當俎者之意，如詩之斷章，各取所求。”
東林初掌大權，就如此做派，黨同伐異，血洗朝廷，當然要自食其果。
丁巳察典，部院大臣之秉成者，鄭繼之、李誌也。”鄭繼之是當時的吏部尚書，而李誌則是刑部尚書兼署都察院事。此外主察者尚有考功司郎中趙士諤、吏科署科事左給事中徐紹吉、掌河南道印禦史韓浚。
吏部尚書鄭繼之，文秉稱：“鄭繼之楚人也，時楚方與浙、齊合，故掖縣（趙煥）去，而特擁戴鄭繼其位，鄭之烈焰較掖縣更為甚矣。”
而另一位掌主察者，河南道掌印禦史韓浚，則被歸為“齊黨”。由於兩位主察之大吏，均有鮮明的黨派背景，因此京察還未開始，門戶互持的態勢，就已十分明顯了。
結果當然是不問可知，自兵部尚書王象乾以下眾多官員受到調查，太常寺少卿丁啟浚、禮部署部事右侍郎孫慎行等東林要人都被處分或逼走。東林黨幾乎被從朝中一掃而空。
然而由於劾及浙黨的一些幹將，齊黨、浙黨之間也是漸行漸遠。齊黨的行為，過於露骨，引發許多中立人士的反感，使得自己逐步被孤立，為東林用汪文言策反攻創造了條件。
在這一係列殘酷黨爭中，方從哲居首輔，仍然欲調和雙方。如會推閣員的風波中，三黨內訌，左光鬥等東林與楚黨結盟反攻齊黨，兩方的互訐，均歸責於方從哲。
當此關鍵時刻，從哲仍然奏辨：“願諸臣各捐成心，共扶公道，乞將前後奏章，勑下部院，虛心詳勘，分別是非。”
方從哲雖然一直居中秉公，端平行事但從哲因與亓詩教的密切關聯，立場逐漸已受到了大家的公開質疑。
不過考慮到方從哲的性格和當時他權威的低下，他也未必能夠阻止黨爭的發展，這也是皇室長期的削減相權，以小製大的反噬。
方從哲也知道，隨著執政聯盟的三黨聯盟的崩潰，東林黨上台勢不可擋，四大閣臣，楚黨劉一燝，處事尚可，但這韓爌野心勃勃，葉向高資格比他還老，威望也足，他執政的日子屈指可數，這方從哲一直在幾個雞蛋上跳舞，現在終於被十六歲的康熙皇帝陛下朱由校逼得他退無可退。
方從哲隻好道：“鄭妃雖跋扈，屢生事端，但畢競是神宗貴妃，福王之母，宗室一脈，還請皇上法外開恩。”他性格注定屈服大勢，追隨強權，無寧為玉碎，不為瓦全的決心。
朱由校道：“朕自有分寸，定不會無故處置皇室成員。”
如果是有故，可就不能怪他朱由校心狠手辣了，他們父子幾十年的陰影，不報仇難消心頭之恨，如果失敗的是他們，以鄭氏的跋扈，他們必無立足之地。
朱由校他們幾個人交換了一下眼色，有了方從哲這首輔的支持，他們成事的可能性大大增加了。
這王安一開始是有顧慮的道：“查無實據的事，輕啟開端，恐引皇室鬩牆。”
朱由校道：“鄭妃福王野心勃勃，向有問鼎之誌，萬曆四十年朝爭，肇始於此，今又有梃擊、紅丸之案，疑點重重，鄭氏福王豈能置身事外？鄭氏福王縱是無罪，也是活罪難逃，神宗超格賞賜，必須追回，以平內帑不足。”
這才是朱由校和米柱的真正目的，真相或許己淹沒於時間，不可追究，但這鄭氏和福王的活罪是要治的，他獲得的賞賜之多，是太子的數倍，不招人嫉恨才怪。
不當家不知柴米油鹽貴，這大臣們但凡有事，就詣開內帑，邊軍響銀不足，開內帑；內地饑荒，開內帑；水災旱災，皆開內帑，官員有事無事都喜歡讓皇帝開內帑，仿佛是他們請詣的就是悲天憫民，憂國愛國的道德君子，而皇帝不開，則是貪財小氣的昏君了。
萬曆皇帝是一個精明人，是不吃這一套的，國家開支有國庫，關他內帑毛事，要他下詣開內帑，這是不可能的，所以獲得了一個鐵公雞皇帝的外號。
這個朱常洛登位，那裏有他老子這種道行手段？被官員的一忽悠，便下詣拔190萬兩白銀補邊軍響銀，群臣們人人稱頌，稱之為賢君明君，但這請詣開內帑之風愈烈矣。