朱由校經過米柱多次洗腦式的遊說，將建奴視為心腹大敵，他公開訓斥那輕視建奴的兵部侍郎張秋明“汝欲做蔡京童貫，朕卻不是宋徽宗，建奴乃女真後裔，完顏女真一樣的惡狼，稍有不慎，就是國破人亡之局。”
張秋明憤然道“臣忠心為國，一片丹心，可昭日月，皇上卻將臣視作蔡京、童貫一類的奸臣！”他摘下帽子，說道“臣請辭，以證清白。”
這張秋明憤怒請辭，嚇住了許多人，許多人都為其求情，連熊廷弼都為他說了幾句，張秋明可是在兵部幹了二十多年，真正的老資格，人緣官聲不錯。
朱由校道“證什麼清白？這確是朕的錯，居然任命一個完全不知兵的人擔任兵部侍郎，現在可以糾正這個錯誤，朕十分高興。兵部侍郎張秋明昏庸無能，才具不足，著削去官職功名，回鄉閉門思過，永不敘用。”
辭官回鄉隻是一時氣話，誰知皇帝做得更絕，這讓他臉色蒼白，幾乎昏倒，皇帝大發光火，連葉向高也不敢求情，張秋明被錦衣衛當場剝去了官服，逐出皇城。
皇帝公開的訓斥和處置了張秋陽，讓人見識到了皇帝對遼東的重視，真是開不得半點玩笑。
皇帝是信了王陽明那一套，宣大薊遼，丟失其一，大明亡了，既然皇帝這麼重視，其它人也不敢輕視。
經過廷推，任命了王在晉為新的兵部侍郎。
王在晉，萬曆二十年進士，初授中書舍人，後曆官江西布政使、山東巡撫，進督河道，泰昌時遷兵部右侍郎，現在正式轉正，成為熊廷弼的重要助手。
朱由校看中王在晉，懂軍事也懂經濟，不像有些人，認為打仗就用錢砸，好像這銀子好像大風吹來似的，從來不考慮銀子是怎麼來的，還有朝廷的財政負擔。
在遼鎮方麵，一直對於怎麼用兵，各有各的看法，一直公允的說法是土兵（當地人、衛所兵）守城，客兵負責進攻，現在遼鎮進行的軍事改革中，將土兵變成國民警衛隊，挑取優良精壯的士兵，組成皇家陸軍五個鎮，加上調去助戰的皇家衛隊，一共有七萬精兵，基本與受到削弱的八旗兵相比。
八旗兵銳氣被挫，大明遼東七鎮則是剛練成的火槍部隊，步騎合共有七萬之眾，但他們分布在沈陽、遼陽一帶，肩負著收複開原、鐵嶺、撫順的重任，任務並不輕鬆，現在正適應性訓練之中。
兵部也覺得不靠譜，所以在各地調集精兵，馳援遼東戰區，朱由校更是揚言，傾全國之力，也要收複失地，在這種情形之下，輕敵好大言的張秋陽下馬，就不是什麼奇怪的事。
連皇帝都認為不可輕敵，他張秋陽卻偏當建奴是跳梁小醜，又沒有什麼破敵良策，真是令人失望。
舊皇駕崩，新皇登基，最要緊的事就是為先皇修實錄，這是記錄先皇一生的語錄，也是以文字的形式對先皇蓋棺定論。
這修實錄是一件大事，是對先皇一生執政和為人的蓋棺定論，像是武宗正德，因為無子，又是把文臣們得罪慘了，新上的嘉靖帝又不爽他們，所以他們把正德黑慘了，硬是把他寫成了一個荒淫殘暴的昏君，蒙受一生之恥，所以，對於皇室來說，為先帝修實錄，乃是一等一的大事，也是向先帝表示孝意的方式之一。
康熙元年，上詔修《神宗實錄》和《光宗實錄》。
命英國公張惟賢為監修官，葉向高、劉一燝、韓爌、周嘉漠、趙南星、鄒元標、史繼偕、何宗彥、朱國祚等為總裁官，孫慎行、侍讀學士顧秉謙、盛以弘、周道登、鄭以偉、李騰芒、錢象坤、孟時芳、周如磐、孫承宗、祭酒吳宗達等為副總裁官，侍讀駱從宇等為纂修官。
因為一年之內連死兩個皇帝，在詔修《神宗實錄》同時，又詔修《光宗實錄》，這在大明曆史之上，絕無僅有，朱由校親自作序，以示哀思孝順，這以親耕、製遣大將出征、修典開始了康熙朱由校執政的開始，親耕意味著勸課農桑，重視農業，大將出征是彰顯武力，保家衛國，修典則是孝順，表示遵遁的是大明以孝治國的基礎。
還有另外一件重要的事，那就是選立後，這可是皇朝一等大事，朱由校當太孫太子之時都沒有立妃，現在坤寧宮虛席以待，沒有皇後母儀天下，這是一等一不妥之事，在新年第二個月，群臣們就上表，要求皇帝選秀女，以充六宮。