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黨的十一屆三中全會後，以鄧小平為核心的第二代中央領導集體繼承和發展了毛澤東、周恩來等老一輩革命家過去提出的思路，創造性地提出了用“一國兩製”的方式來實現祖國和平統一的科學構想。
（一）“一國兩製”構想的萌芽
新中國成立後，台灣問題是祖國統一問題中最突出的一個問題。解放後至20世紀50年代中期前，中國共產黨和中國政府一直準備武力解決台灣問題。20世紀50年代中期後，黨中央根據形勢的變化，將著眼點放在了爭取用和平方式解決台灣問題上。1958年10月6日和25日，中華人民共和國國防部先後發表毛澤東親自起草的《告台灣同胞書》和《再告台灣同胞書》，對台灣問題“建議舉行談判，實行和平解決”。此後，黨和國家領導人多次就和平解決台灣問題的方針政策進行了闡述，逐步形成了“一綱四目”的方針，成為“一國兩製”構想的思想淵源。
“一綱四目”。20世紀60年代初，周恩來總理將毛澤東等黨和國家領導人就和平解決台灣問題提出的一係列方針政策概括為“一綱四目”：一綱是台灣必須回歸祖國；四目包括：台灣回歸祖國後，除外交必須統一於中央外，所有軍政大杈人事安排，均由蔣介石決定；台灣所有軍政及建設經費不足之數，由中央政府撥付；台灣的社會改革可以從緩，待條件成熟後協商解決；雙方互約不派人進行破壞對方之事。
（二）“一國兩製”方針的形成
從十一屆三中全會到20世紀80年代中期，在鄧小平領導下，中國共產黨和中國政府經過長期醞釀，提出並且全麵闡述了用“一國兩製”的辦法和平統一祖國的戰略構想。它首先是針對台灣問題提出來的，但首先運用於解決香港和澳門問題。
1979年1月1日，全國人大常委會發表的《告台灣同胞書》發出“和平統一”的呼籲，從此不再用“解放台灣”的提法，標誌著祖國大陸對台灣的政策的重大發展。1981年9月30日，全國人大常委會葉劍英委員長發表談話，具體提出了實現祖國統一的九條方針。這些雖然沒有概括為“一國兩製”，但實際上就是這個意思。1982年9月，鄧小平在會見前來參加中英關於香港問題談判的英國首相撒切爾夫人時，全麵闡明了中國政府準備用“一國兩製”的辦法解決香港問題的立場。他指出，中國收回香港後，香港現行的政治、經濟製度，甚至大部分法律都可以保留，當然有些要加以改革。香港仍將實行資本主義製度，現行的許多適合的製度要保持。鄧小平這次對香港問題的重要闡述，表明“一國兩製”的構想已經成熟，並正式對外公布。1983年6月，鄧小平在會見美國華裔學者楊力宇時，進一步闡述了台灣與大陸和平統一的構想。1982年12月五屆全國人大五次會議通過的《中華人民共和國憲法》明文規定，國家在必要時得設立特別行政區。從此“一國兩製”開始成為一個具有法律效力的基本國策。