在這個世上有一些無人知道的秘境，這些秘境裏有著奇異的自然風景以及神奇的生物，忍者所擁有的通靈獸便是來自這些秘境之中，若無緣分或是他人的指引，是不可能達到這些秘境之中的，而在這些秘境之中有三個傳承已久的古老之地，據說這裏有著仙法的傳承，若有人誠心到訪，秘境裏的仙人便會傳授其道法——
自來也小時候使用通靈之術，由於未曾簽訂過通靈獸的契約，便被通靈之術給帶到時空的亂流中，若按正常的情況，他要麼是死在空間亂流中，要麼會隨機到達某個秘境裏，讓人驚訝的是，他出現的地方竟是三大聖地之一的妙木山，後來他拜見了妙木山祖師大蛤蟆仙人，從大蛤蟆仙人那裏得知，自來也之所以可以在到達妙木山，其實是冥冥之中的命運所引導的，因此在那之後自來也便在妙木山裏修行，也與妙木山簽訂了通靈獸的契約。
妙木山風景秀麗，空氣清新，四處生長著怪異的、形似葉片與蘑菇的植物，在山崖上有著大量的瀑布，回想著嘩嘩的聲響——妙木山是蛤蟆的國度，在這裏生活的蛤蟆也與外界不同，既可以口吐人言，又可以使用特殊的能力，妙木山的祖師是大蛤蟆仙人，據說他在忍界祖師六道仙人的時代就已存在，或許也曾與六道仙人見過麵。
在妙木山裏充斥著一股純粹的力量，被稱作仙力，又叫作自然能量，這便是妙木山的仙術來源，習得仙術並有所成就者可以在妙木山裏稱作仙人，至今隻有大蛤蟆仙人、深作仙人、誌間仙人，大蛤蟆仙人早已清修、不再管理俗世，因此妙木山的事宜都由深作和誌間兩位仙人處理。
今日，深作仙人與誌間仙人正在家中用飯，忽然間他們感覺到一股奇異的力量氣息，這是通靈之術的氣息，兩個蛤蟆麵麵相覷，這是有其他人來到妙木山，還是自來也那個小子過來了？
剛剛走出家門，他們便聽到一聲巨大的響聲，像是有什麼人在戰鬥，不禁心中一緊，深作仙人和誌間仙人立即往聲音來源處趕過去，等到他們到時，卻發現事情已經結束了，就見自來也站在那裏，在他的麵前躺著兩個人，他們胸口各插著一把巨大石劍，身上似乎在飄動著類似紙屑的東西——
兩個蛤蟆跳到自來也的身邊，深作問道：“喲，小自來也，好久不見了，怎麼一來就折騰這麼大的動靜？”隨即又往躺在地上的兩人看去，道：“這是敵人嗎，什麼樣的敵人要讓你引到妙木山裏來？”
自來也看著兩位仙人，笑道：“深作仙人、誌間仙人，好久不見了，這次是碰上一些麻煩了，必須要用到妙木山裏的秘製石劍。”
妙木山的秘製石劍有著神奇的效力，隻要一旦貫穿心髒，便可以令其靈魂逐漸脫離、回歸極樂淨土，看起來似乎沒有什麼特別的，因為一般人貫穿心髒也活不了，但妙木山石劍的特殊效果主要是為了給人致命一擊，針對的是有特殊能力的人，不管是有不死之身的人還是隻要靈魂尚存、肉體被消滅多少次也無所謂的人，一旦被妙木山石劍給貫穿心髒，就會無可避免地被帶往極樂淨土，真真正正地死去。
自來也知道穢土轉生必須要將死者的靈魂給封印時，便想到了妙木山的石劍，一般的手段是無法殺死穢土轉生的死者的，而妙木山石劍卻正好可以用在這個地方，所以他與猿飛日斬破壞掉千手柱間、千手扉間的行動能力，就迅速把他們帶到妙木山裏來，並用秘製石劍貫穿了他們的心髒，如今這兩人已經沒有辦法行動了，他們的靈魂將會脫離，回歸到極樂淨土的世界中去。
也許是因為這個原因，千手柱間、千手扉間恢複了神智，他們躺在地上，身體無法動彈，可以感覺到自己的靈魂正在慢慢離開這個軀體，兄弟兩人不用細想也明白發生了什麼，千手柱間看著自來也，說道：“這裏是妙木山嗎，看樣子我們是被解放了啊，謝謝你了，雖然不知道你是什麼人，但是給你和猴子添麻煩了。”
自來也道：“我是猿飛老師的弟子，叫自來也，這不是先代火影的錯，都是大蛇丸幹的好事。”
千手扉間道：“大蛇丸就是那個使用穢土轉生的年輕人嗎，他能把我的忍術給完善，真的是一個奇才，隻不過他對木葉是一個巨大的禍患，你和猿飛一定不能讓他離開木葉，否則會後患無窮。”這位以冷酷鐵血著稱的火影一心以木葉為重，在看到大蛇丸對木葉出手之後，盡管惋惜其才，也囑咐自來也不能讓其安然離去。
自來也苦笑一聲，在之前他對大蛇丸仍有幻想，希望他可以回到木葉，但經過這次戰役，他感覺到大蛇丸是不可能回歸木葉了，聯合外村毀滅村子這是不可饒恕的重罪，既然大蛇丸企圖將木葉給毀滅，那他為了木葉的將來，也不得不對大蛇丸下狠手。
即使是這麼想，自來也的心裏依然是十分沉重，對於這個同門及戰友，他是有著相當深厚的感情，不然當年他也不會因為覺得自己沒有察覺到大蛇丸的心性有失，便執意離開村子去尋找大蛇丸的蹤跡，所以他在心裏下了決心，到時候把大蛇丸給擒下，他也不會害大蛇丸的性命，隻會讓大蛇丸到牢獄裏，若大蛇丸有所悔悟，自來也也會求情讓大蛇丸過得好一些，有點行動自由——