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大批餓鬼出現，木葉陷入前所未有的混亂。
稻荷神出現，二代火影召喚豐野雲神對抗，不想，被護衛之中的團藏和另外一人偷襲，然後被擁有萬花筒寫輪眼的神秘人收走性命。
二代火影臨死前以穢土轉生之術召喚了三名忍者，其中一名放出木遁被打殺，另外兩人憑借其中一人的萬花筒寫輪眼逃了出去。
道枝藍對戰惡鬼後，黑龍主動出現，往某個方向行去。
三人來到一個地宮，裏麵是餓鬼的源頭，猿飛佐助，波風水門，旗木塑茂也在，三大強者一路無雙殺到地宮底部，遇見了傳說中的鬼王之一大嶽丸。
大嶽丸沒有理會三大強者，看向了道枝藍方向，驚喜地叫了一聲天羽羽斬，道枝藍頓時感覺黑龍力量暴漲並且對他們發動了攻擊。
道枝藍小隊三人大戰黑龍。
木葉三大強者大戰鬼王大嶽丸，大嶽丸召喚天羽羽斬不至，久戰之下，選擇了自爆，三大強者倒地不起。
自曝存活的大嶽丸狂笑準備收人頭，黑龍化作一把黑色利劍飛穿而至，一劍刺入大嶽丸心髒，大嶽丸應聲而倒。
臨死前，大嶽丸高呼，此乃不祥之劍，其主無人善終。
大嶽丸死後，係統小蘿莉偷偷收走了他的靈魂，三人將三大強者送回木葉醫院，道枝藍回到自己房間，再次嘔吐出一枚白蛋，孵化之後，又是一個白蛋版大嶽丸。
二代火影被確認死亡，三代火影開始競選。
木葉再次順著餓鬼去找，又找到第二個地宮和第二個大嶽丸。
團藏率領根部自己人消滅了餓鬼和大嶽丸我，名聲大振。
團藏提出可能是克隆，應該試用基因藥物對付那些餓鬼。
係統小女孩帶領道枝藍發現團藏自導自演的克隆真相，原來餓鬼和大嶽丸都是團藏製造，道枝藍拍照後準備退走，轉身發現戴麵具的神秘寫輪眼擁有者。
對方與道枝藍直接交手，道枝藍喚醒手中天羽羽斬逃至外麵，對方不惜暴露稻荷神，召喚出神明想要滅口。
道枝藍抵抗不及，係統小女孩以青行燈姿態出現，展現不輸稻荷神的強大神力，救下了道枝藍。
其他木葉忍者趕來，神秘人無奈退走。
道枝藍向木葉告知了一切，木葉衝入克隆基地，發現了事情真相。
團藏被神秘人告知計劃失敗，著手布置人員撤離，他們準備去一個傳說中所謂生人之地的地方。
臨走前，被根部另外一個負責人藥師天善發現，兩人殺死藥師天善，並用一個克隆體取而代之。
團藏率部退走，木葉內戰爆發，關鍵時候，宇智波富嶽率領數百宇智波叛變，施展大型傳送忍術與團藏一起退走。
留下的宇智波鏡和宇智波止水被口誅筆伐，焦頭爛額，鏡失去參選資格。
猿飛日斬和水戶門炎和綱手成為火影之位最後角逐者，綱手一看不行，引入了加藤斷以及火之國貴族的參與。
猿飛日斬為了展示實力，也叫上了波風水門出來。
水戶門炎本來想找旗木塑茂，結果被拒，宇智波鏡找到他商談了一夜。
水戶門炎和宇智波止水找到道枝藍，希望他能幫忙參選，壯大自己這邊的聲勢。
道枝藍看在止水麵子上參選火影，因為揭露有功，沒想到很多人願意支持。
道枝藍幹脆打造了一個謀略忍者的形象，提出了許多木葉村的發展綱領，和水戶門炎一起做了幾場巡回演講。
眼看水戶門炎聲勢日盛，猿飛日斬急眼，開始模仿作秀，並且請出自己老爹支持。
猿飛佐助出場，很快憑借往日人情說服不少同輩，水戶門炎爸爸死的早，一時節節敗退。
最後，道枝藍拿出證據，證明二代火影死亡真相，而和團藏一起偷襲之人就是猿飛日斬。
猿飛日斬認罪，道枝藍當上火影。
五年後，神秘寫輪眼擁有者火之迦具土用究極輪回眼駕馭天照、帝釋天和阿修羅三名最強之神，宇智波斑駕馭伊岐那美和伊邪那岐，宇智波富嶽三父子駕馭月讀神。
與主角駕馭的超命大蛇女和波風水門駕馭的風神、自來也駕馭的豐雲野神、旗木朔茂駕馭的雷神、猿飛新之助駕馭的大國主神、宇智波橙水駕馭的水神在高天原一戰。
主角一方最終獲勝，奠定了神明忍界的和平根基。