藍星是一顆與地球相似的星球，它的大多數與地球相仿，與之不同的是其行星表麵百分之八十都由海水組成。
藍星十五世紀初，發展過剩的人類將目光從消耗殆盡的陸地轉移至神秘的海洋，從此海洋成為了各個國家的爭搶，交鋒之地。
十五世紀至十八世紀中葉，海洋在付出了大量資源後仍未滿足人類的欲望。
為了掠奪資源，人類將渴望化為木質帆船並過渡到鋼鐵巨艦，在上百年的戰爭中，無數的艦船因為野心埋葬於海底。
然而海洋一次次的容忍換來的不是喘息而是無限的傷痕，人類也忘記了她不像藍星母親一樣盲目仁慈。
於是，大海發怒了，至今無人知道那些高達百米的恐怖怪物與可以使用艦炮的蒼白少女為何出現在所有海域。
從北方寒冷至極的冰海到適宜人類居住，國家繁多的赤海，到處都有它們的身影。
起初，各個國家的政客以為這隻是一次可笑的襲擊或他國的實驗廢物，但短短半年的時間裏，多個小型國家已經覆滅。
沒人知道她們的目的是什麼，見過它們的人統一將怪物稱為深海，蒼白的少女叫做塞壬，寓意著美麗的海妖。
在岌岌可危的狀況下，僅存的國家放下互相的成見與矛盾，他們組成聯盟並集結了所有艦隊妄想一戰將塞壬與深海消滅於大海之上，
正當他們幻想勝利之時，深入海洋的本該大放光彩的艦隊卻突然蒸發，留給人類的隻有無線電裏的一句:
“快逃，艦隊無法擊毀她們，……”
不到一個月的時間，滿身傷痕的深海爬上海岸，它們覆滅了大多數的國家政府，
人類聯盟就此解散。
正當人類絕望彷徨之際，一位少女自大海破浪而來，她用嬌嫩的身體和袖珍的艦炮艱難的阻擋了深海的入侵。
隨著戰爭的持續發酵，更多的少女加入戰線，人類問她們是誰？從何而來？
她們回答說“自己從鋼鐵戰艦的屍骸中誕生，在此蘇醒是為了完成自己未完成的“保護人類”的使命”。
對此，人類親切的稱她們為艦娘，並賦予她們曆史的名字與擔當。
當最危險的時期出現希望時，內部隱藏的問題也開始爆發，因為艦娘的曆史陣營不同，性格也不相符，稀有度，裝備的不一致導致了許多矛盾的產生。
為了統一管理和幫助艦娘，僅剩的人類創立了名為碧藍航線的組織（簡稱海事局），賦予其保護人類，幫助艦娘，開拓航線的使命與擔當。
通過艦娘，人類運用智慧創造了黃雞，一種隻需要相應資源就可以快速建造裝備與建築的伴生物。