隻有水門從林飛那裏得到了消息，他和三代目聽取了止水的彙報，宇智波武鬥派中了群體別天神，已經決定放棄叛逃的計劃，將來會逐漸向村子的方向靠攏。
水門對止水大加讚賞，還獎勵他選一門禁術。日斬表麵上很慈祥，心裏卻總覺得不對勁。
他一出來就去找老哥們團藏，可是留守的根忍說團藏大人出村去執行秘密任務了。
日斬也分不清這是托辭還是實情，隻好回家等待。這一等就等到綱手出現在村口堵門。
綱手身後還跟著自來也這個壯丁，他們麵前放著團藏和一群根忍的屍體，還有各種證物，宣稱團藏要暗殺綱手，奪取她的身體做木遁細胞的實驗。
根忍利用綱手暈血的弱點，差點就得逞，還好自來也及時趕到，幫助綱手斬殺所有刺客，解除偽裝才發現是團藏和根忍。
這個消息實在太炸裂了，村口廣場在極短的時間內就擠滿了村民和忍者，熱鬧程度堪比大戰的出征和凱旋。
事實上，團藏那半身伸出尖銳木刺的屍體已經是最有力的證據，何況還有各種機密檔案佐證。
猿飛日斬帶著所剩無幾的直屬暗部趕到之時，知道事情已經無可挽回了。
水門姍姍來遲，帶領暗部維持秩序，並承諾一定會查明真相，給綱手和大家一個公道。
日斬知道團藏絕對不會幹刺殺綱手這種傻事，要幹早幹了，恐怕是因為別的原因栽了。不過他也無從辯解，隻怕其中有牽涉到自己的證據。
好在他得到自來也和水門的眼神暗示，知道徒弟和徒孫應該會給自己這個退休老頭保留情麵。
事實上，水門今天一早就根據林飛的情報，控製了所有根部忍者和據點，特別是不在明麵上的那些。
其中一些罪大惡極且無可救藥的根部忍者會被處死，其他人會回歸各自的家族，轉為普通忍者，或者被吸收進入暗部。
第二天開始，火影大樓陸續公布了根部逼迫忍族的罪證，然後一處孩童的亂葬坑被挖出來，再是以旗木朔茂為首的一些冤案被洗清，野乃宇的母親也在其中。
在忍族和上忍代表會議上，水門還小範圍展示了水戶門炎和轉寢小春配合團藏挪用資金和物資的證據，兩位長老當場引咎辭職，日斬也宣布隱退。
在場眾人知道木葉真正的權力交接初步完成了，都開始猜測新的長老團會怎樣組成。
反觀林飛和藥師野乃宇，這場軒然大波真正的始作俑者，此時正在墓園裏安靜地祭奠。
野乃宇的母親以前都沒有墳墓，連衣冠塚都沒有。這次她挖出兒時埋起來的幾個發卡，給母親立了一個墓，墓碑上寫著：“一個苦命的女人，一個堅定的媽媽。”
野乃宇敬獻上殺手的頭骨和團藏的指骨，痛痛快快哭了一場，整理好妝容後，陪著林飛來到旗木家的墓地。
林飛穿越後還是第一次到這裏來，用白牙短劍修剪好墳頭的雜草，他看著孤零零的幾個墳塚，才想起旗木一族的祖墳在大名府，祖上長期是大名的護衛武士。
朔茂這一支雖然人丁不旺，也算是旗木本家，而且聲名顯赫。旗木朔茂自從被大名賜予火影半袖之後，就成為了木葉高層的眼中釘，這是悲劇的源頭。
不過這些和林飛的關係都不大，他隻是覺得占了卡卡西的身體，可以幫他消除一些遺憾。