送走石牛，蕭峰一刻也沒有耽擱，馬上開始著手對戰後日本的改造和清算工作。
他的目的很明確，主要有兩條：一個是針對日本在戰爭中給世界，當然最主要是給中國和中國民眾造成的災難。進行徹底清算，具體來說就是對發動這場戰爭的日本戰犯進行審判，追究他們的責任，讓他們為自己的瘋狂行為付出相應的代價；第二就是要從根子上徹底消除日本軍國主義的土壤，消滅日本的戰爭潛力，使這個瘋狂的國家永遠也別指望象第一次世界大戰後的德國那樣，迅速重新武裝起來，再次給亞洲和全世界造成巨大的災難。
蕭峰做的第一件事，就是徹底改造日本的各級政府和警察部隊。因為不管是清算戰犯還是閹割日本的戰爭潛力，首先都必須控製住日本的政局和治安，這是基礎。
日本原來的各級政府就不用說了，那就是一個為日本軍國主義橫行世界保駕護航的後勤司令部，必須要把它們徹底改造。而日本的警察部隊，戰前是一個由東京的官僚們控製，為他們的統治服務的權力機構。而在這次戰爭期間，它又搖身一變，成為一個酷似德國納粹蓋世太保的恐怖組織，被用來鎮壓國內民眾的反抗，煽動國民的戰爭情緒。
蕭峰拿出的辦法極其簡單，卻又直接、有效，就是要在很短的時間內，把日本各級政府和警察機構的管理係統來了大換血。
這時候，當初薛正倫在塞班島俘虜的第四師團三千餘名官兵，還有新唐國防軍在以後曆次戰鬥中俘虜的一些日軍官兵，就派上了大用場。
蕭峰這次到東京灣受降的時候，就把這些經過洗腦式改造，思想已經發生了巨大轉變的日軍俘虜全部帶了到日本，現在他一聲令下，這些俘虜們就迅速進入占領區的各級政府和各級警察機構中，進行全麵接管。這其中，原塞班島知事寺田雅雄搖身一變，成為日本戰後的第一任首相，原日軍新唐國攻略部隊東路軍總指揮小柳津正雄少將，則受命擔任了戰後日本第一任警察總長。
新唐國幾年來始終堅持對這些俘虜的洗腦改造和專業訓練，現在終於得到了豐厚的回報。這些在專業上訓練有素、在思想上已經完全親新唐國的俘虜們上台之後，沒用多長時間，就徹底控製了新唐國占領區的政治和治安命脈，迅速穩定了原本亂糟糟的局勢。
隨後，按照蕭峰的指令，寺田雅雄領導的新政府和小柳津正雄領導的新警察組織傾力合作，馬上發起了席卷整個占領區的廢除神道教運動。
神道教，是日本的國教，天照大神是神道教信仰的一個最主要的神祗，日本的曆代天皇，則被宣揚為天照大神的子孫，是天照大神在人間的代表，受天照大神委托統治日本。
統治者為了說明自己統治的合法性，鞏固政權基礎，弄出一個神神叨叨的宗教，這種做法本來無可厚非，古往今來，世界各國的統治者莫不如是。但是在日本，這種情況卻發生了偏差。
在日本明治天皇以前，神道教的作用也確實是被局限在上述兩個方麵。可是到了裕仁天皇這家夥上台，情況就完全不同了。經過這家夥的“辛勤”努力，神道教最終在他手中演變成一個教導民眾誓死效忠他的工具，並把這種思想在二戰中推到了巔峰。在整個二戰中，日軍官兵即使在形勢極度不利的情況下，也誓死不降，動輒就是剖腹自殺，或者拉上對手同歸於盡，這些愚蠢的行為，基本上都是因為受到那個誓死效忠思想的蠱惑所致。
蕭峰非常清楚神道教的危害究竟有多麼巨大，因而把它連根清除就勢在必行。在這次活動中，日本新政府和新警察總局首先宣布神道教為非法宗教，然後就組織人力，把整個新唐國占領區六千餘座神道教紀念碑、紀念神廟全部拆毀，這其中就包括後世臭名昭著的靖國神社。
隨著這些紀念碑、紀念神廟的消失，各級主要神職人員的相繼入獄，神道教這塊滋生日本軍國主義和右翼勢力的最肥沃的土壤，被蕭峰在占領區的土地上徹底鏟除，而且永遠也沒有機會再生了。
在日本新政府和新警察機構被蕭峰指使的團團亂轉的同時，新唐國駐日占領軍也沒有閑著。
新唐國駐日占領軍一共有一個陸軍集團軍和一個海軍陸戰軍，外加海軍的一個“中新”號航母作戰群，總兵力達到十萬餘人，力量可以說是相當強大。
在蕭峰的指揮下，占領軍除了各地必要的駐守部隊以外，其餘的部隊全部行動起來，在占領區各地展開挖地三尺的大肆搜索。他們把戰爭結束時日軍儲存或隱藏在國內各地的飛機、坦克、機槍、火炮等無數武器裝備全部找出，或炸毀、或燒掉，或是直接扔進大海。日軍遺留下來的海軍基地和軍用造船廠，也被全部摧毀，就連遍及占領區各地的軍用機場跑道，也都被占領軍用犁翻了起來，改造成良田。
據不完全統計，在短短幾個月內，新唐國駐日占領軍搜羅到並銷毀的作戰物資和基礎設施，價值高達數十億美元。從此，日本的戰爭潛力已經被基本清零，就算是蕭峰現在給他們機會，短時間內也無法再武裝起來了。
不過，盡管在清除神道教基礎和日本戰爭潛力這兩件事情上成績斐然，但蕭峰最關心、費心思也最多的的重頭戲卻不在此，他更關心的是另一件事——對日本戰犯的清算和審判。
根據受降儀式前各國代表在雅加達達成的共識，在新唐國防軍駐日占領軍司令部掛牌的同時，遠東國際軍事法庭和遠東國際軍事檢察庭也同時宣告成立。
這兩個機構，由盟軍新唐國駐日占領軍司令蕭峰、美軍駐日占領軍司令麥克阿瑟共同下令組建，法庭的十名**官和檢察庭的十名大檢查官分別來自新唐國、中國、美國、蘇聯、英國、法國、澳大利亞、加拿大、新西蘭和菲律賓。