對日本人的“不服從”，俄德法三國都采取了血腥地鎮壓，德皇威廉二世命令在日德軍“用一切手段殺光敢於反抗的所有日本人”，俄國沙皇尼古拉二世更是露骨地命令俄軍“從禸體上消滅一切敢於反抗者，無論是婦女還是兒童”，法軍在日本地表現還算“文明”。仿照西班牙在古巴弄了個“集中營”製度，但法軍在越南招募過來的由越南人組成的雇傭軍卻對日本人無休止的反抗感覺到了“難以忍受”，本來性格“溫順”的越南人開始了瘋狂的報複和殺戮，法國軍官根本沒有辦法製止。一時間三國占領區一片血雨腥風，屍橫遍野，“男女老幼被兵火死於路者，層層疊壓，數裏相望”。“日本人的反抗造成了一場十足地災難，進而演變成了真正的大屠殺，這種屠殺什麼時候會終止，也許隻有死去的日本人才知道”，在日本發生的事讓全世界各個國家都感到是一場“可怕的悲劇”。
為了不讓日本平民遭受更多的浩劫，日本明治天皇睦仁下達了“止戰詔書”。派出敕使分赴全國各地，號召人民放下武器，避免更多的無謂流血和犧牲，讓孫綱意想不到的是日本軍民還真地服從了，停止了反抗。天皇的一紙詔書居然有這麼大的號召力，讓孫綱吃驚之餘也暗生警惕，日本天皇在民間近乎於神的影響力，可能還會成為日本民族凝聚在一起的精神力量，而這種精神力量，是必須想辦法加以消除的。不然。也許有一天，還會成為中國地禍根。
由於日本軍民放棄了抵抗。各國占區漸漸平靜了下來，德國就勢占領了四國島全境，除了外海的一些島嶼，整個日本被徹底瓜分完畢。
並沒有達到讓英法德俄四國陷入日本的“戰爭泥沼”的目地，讓孫綱很是鬱悶，江穆齊也有些不甘心。
“不能就這麼算了。”他一臉不服氣地說道，“我非想辦法讓他們再打起來不可。 ”
“先別著急。”孫綱又讓他的話嚇了一跳，怕他再弄點什麼可怕的事出來，趕緊說道，“觀察一下情況再說。”
這天在從朝鮮到中國的電報線路接通後，孫綱接到了大清朝廷給他和劉銘傳的電旨，“朝鮮已複，著北洋海陸軍設法進兵日本本土，擇一二要地占之，為抵押索償之資。”幾天後，從旅順帶著運輸艦來的“海寧”號巡洋艦把正式諭旨給他們捎來了。
孫綱和劉銘傳接旨後一臉的苦笑，日本都讓英法俄德四國瓜分完畢了，還占哪裏？這聖旨來得也太慢了些吧？
但朝廷地命令就得執行，孫綱和劉銘傳等眾將商議了一下，率領北洋水師北上，經過幾天地戰鬥，順利占領了隱岐諸島，算是給了朝廷一個“交待”。
在攻占隱岐諸島後，當地的日本軍民不是戰死就是投海，沒有一個剩下地（對馬島的情況也是一樣），劉銘傳分別安排清軍和部分朝鮮軍隊在此駐守後，和孫綱返回釜山，鑒於對日作戰已經基本結束，經過商議後，葉祖圭率“開遠”號、“海寧”號、“海陵”號三艦留駐釜山，為在朝清軍海路應援，孫綱帶領北洋水師其它各艦返回旅順基地休整，並準備把最近的戰況上奏朝廷。