s.c.a.m.眾人將幕後黑手的帽子扣在馬爾斯身上，與處於休整期的大紅龍達成協議，登上對方的飛船前往泰坦空間站救出趙竹衣，鄭輝為洗清懷疑也偷偷登艦。對一切心知肚明的龔安居帶足人手親自出馬，也利用眾人，出乎所有人意料地將泰坦空間站占為據點。東方銀白和辛西婭大打一場，最後辛西婭卻死於萊多尼之手，辛西婭唯一的願望就是東方銀白的自由。一番波折救回趙竹衣，林遵在外太空過了意義重大的生日並且成為了覺醒者。鄭輝的影像被接了相應合約的青陽獵團拍到。艾克的朋友秋碧和青陽打了一場電子戰，毀掉了影像，撤掉了合約。
新學期開始，s.c.a.m.立刻受到了阿斯塔的責問，忍氣吞聲後大家安慰小蘿莉，所有人都相信她。s.c.a.m.在秋碧的幫助下開始調查魂務處。艾克建議將在營救趙竹衣時意外獲得的大筆財富用於外域居點的建設，同時也可以躲開覬覦s.c.a.m合約優先權而不斷上門挑戰的各路社團。萊薇則建議就安置在泰坦空間站，青陽獵團大找麻煩。鄭輝被禁足，s.c.a.m.眾人答應她盡快回來。秋碧帶來了自己的飛船，同時對據點的建設大感興趣，也帶來了五位主管消息：阿斯塔*謝蘭是早已退役淡出所有人視野的上代銀河聯邦艦隊總指揮官的名字，有傳聞他參加了統一教；鄭輝沒有任何資料可查。眾人推測出阿斯塔極有可能是總指揮官的克隆體，為了統一教吞食而合一的理念存在。
隨即，學校內的異教典研究ghk所發生火災，統一教資料全部被毀，研究ghk員全部死於大火。秋碧的調查被嚴重阻礙。
人類文明議院和周邊種族文明的小摩擦有升級的跡象。s.c.a.m基本完成了泰坦空間站據點的建設，秋碧建了一所孤兒院。申請的校外期還有一段時間，s..推薦，秘密接下外交部長巴斯蒙委托的偵測一個殖民地外種族活動情況的任務。沒想到地方人類武裝突襲，摩擦直接演變為小型戰爭，林遵第一次見識到戰爭的殘酷。s.c.a.m眾人被人類武裝和殖民地武裝雙麵攻擊，勉強殺出一條血路，為了救艾克林遵失去左臂昏迷，艾克的頸帶被打斷，露出真容—她實際上是塞拉瑞的王女莉迪雅*拉蔻洱，塞拉瑞反抗突銳侵略者的最後希望。此役艾克和萊薇成為覺醒者。最後被其他安全返航的s.c.a.m成員找來的秋碧，帶著頸帶救回兩人，眾人發現了衝突背後統一教的影子。
長回左手的林遵對昏迷時照顧他的莉迪雅念念不忘。林遵向龔安居詢問關於阿斯塔的信息，對方要求的代價是獲取某星球的持劍淑女的分布資料。這是一種製作新型毒品的植物原料。大紅龍獲取後需要按點銷毀。打算在該星球勢力的核心區偷取資料的s.c.a.m，碰見了實力極強的星際獨行大盜黑隼。黑隼打敗了s.c.a.m所有人打算帶著資料離去，卻被萊薇阻止了。事後詢問，原來黑隼真名為尼爾*卡夫瑞，是萊薇的父親。更多的萊薇不願說，林遵隻好拜托秋碧調查，同時自己也以偽造身份發布委托想吊黑隼出來。
回到地球的s.c.a.m.參加完期末考。林遵把持劍淑女的資料交給龔安居，換取了關於阿斯塔的真相：作為克隆人的阿斯塔，誕生便被總指揮官用統一教的秘法植入了小部分總指揮官的靈魂。那之後他自己的靈魂就和總指揮官的靈魂一直在爭奪身體。還能保持自我的時候，他逃跑了，同時借助一個古老的銘文係統，把總指揮官的靈魂再次分割並隔離出來一部分，連同那個銘文係統一起封印在了逃跑時搶奪的總指揮官的外孫女身體裏，女孩兒沉睡但阿斯塔得以苟延殘喘。阿斯塔逃至地球，出資參與了覺醒大學的二次擴張建設，將真相告訴了初代的大紅龍騎士團團長，並且定下長期合約：時刻監視他的靈魂波動，一旦發生變化就將他強製留在地球上，給予的代價是大紅龍在學校裏的超然地位。到如今也有五十年了，十三年前鄭輝蘇醒並成長，這給了阿斯塔極大的恐懼。
在一次爭奪身體成功後，總指揮官定計，借助【基督的見證人】終於毀掉了一直以來對阿斯塔魂波的監測記錄和大紅龍保留的合約刻本。
艾克在檢查了阿斯塔的魂波正常後，s.c.a.m.眾人和他一談，阿斯塔痛苦地承認了一切。鄭輝偷聽到了談話，察覺到的阿斯塔情緒激動，身體失守。s.c.a.m眾人和總指揮官大打出手，慘敗。情急時林遵二次覺醒，還是慘敗，之後東方銀白和趙竹衣再次覺醒，還是慘敗。最後龔安居出手幫忙，才讓阿斯塔恢複正常。銘湖底傳來騷動，一個黑發的年輕男子醒了過來，爬上岸。
眾人對指揮官的實力有了深刻認識。趙竹衣教給了阿斯塔固守本心的秘法。林遵和諸位妹子的關係近了一層。