先是負責掩護步兵進攻的四輛79式坦克被火箭彈擊毀掩護的自衛隊員不得那個麵對生化戰士強大的火力進行進攻，生化戰士為這次的戰鬥準備了很久，所以生化戰士們的火力強大到了令人震驚的程度，進攻的自衛隊員一排一排的倒在生化戰士強大的火力下。小說網專業提供電子下載最後，自衛隊不得不集中迫擊炮和和火箭筒對生化戰士的火力點進行轟炸，把活力點拔除之後，才能繼續進攻。但是生化戰士構建的火力點又何止一個，所以這隻自衛隊推進的速度很慢。衛華這次的生化戰士改造偷了懶，所以這些戰士的能力比照原來的生化戰士要差一些，而且衛華有沒有給他們配備衛華改造的戰甲，所以麵對大量自衛隊隊員的進攻，這些生化戰士開始出現傷亡。日本自衛隊雖然取得了一定的戰果，但是戰鬥過程卻令這些進攻的日本自衛隊員十分恐懼。令這些進攻的自衛隊員恐懼的是，那些負傷的武裝分子根本就不打算投降，而是引爆早已安置好的炸彈進行自殺性攻擊。這些武裝分子絲毫不懼怕死亡，也不想被俘虜，這些武裝分子都是笑著引爆炸彈的。
僅僅不到兩個小時的時間，負責進攻靖國神社的這個日本自衛隊的營就傷亡了三分之二，而他們也不過是靖國神社內占領了幾處不重要的建築，向內推進了十幾米的距離。自衛隊的進攻受挫，使得防衛廳的最高長官大為惱火，把負責進攻靖國神社的那個營所屬的師長大罵一頓，並且命令這個師限期攻克靖國神社。這名師長回到自己的指揮部後，重新調派了一個營對靖國神社起了攻擊。戰鬥一直進行了三天三夜，整個師傷亡了四分之三，才把占領靖國神社的武裝分子消滅，不過此時的靖國神社已經成為一片廢墟，靖國神社裏沒有一棟完整的建築，到處都是彈坑，原來的靈璽簿奉安殿已經徹底的不存在了。靖國神社的戰鬥結束了，可是千代田區裏的戰鬥卻正激烈的進行，突圍到這裏的生化戰士分成幾組相互配合，在天上反重力飛行車的配合下，同圍剿他們的自衛隊展開了激戰。
此時的衛華卻已經離開了日本，這些印尼籍的生化戰士不過是他的棋子罷了，而且是那種棄子。衛華的目的一方麵是報複，打擊軍國國主義勢力，二是製造日本人同印尼人之間的矛盾，破壞美國認得計劃。這次的靖國神社事件和天皇被殺事件，使得日本同印尼之間的關係生了巨變。
二月二十二日，原日本的皇太子繼位成為日本第一百二十六代天皇。日本政府正式決定出兵印尼，對印尼進行報複。原已經離開蘇門答臘島的日本維和部隊的船隻轉頭又向蘇門答臘島航行，同時日本政府向印尼政府出通告，要求印尼政府交出所謂的印尼複仇聯盟的其他成員，否則的話日本政府將自行采取措施進行報複。印尼政府對這個所謂的印尼複仇聯盟根本就一無所知，怎麼可能交出人來。二月二十七日，日本第二次對印尼出兵，這次可不是什麼維和了，而是報複。日本政府真正的目的還是準備侵占印尼的國土，為天皇複仇隻不過是個很好的借口罷了。日本出兵的主要對象是情況比較混亂的蘇門答臘到和加裏曼丹島，爪哇島日本政府暫時還不準備去碰。
海部俊樹內閣已經解散，天皇被殺這麼大的事件總要找個替罪羊給民眾一個交代，所以海部俊樹內閣政府就成了最好的替罪羊，新天皇繼任後，海部俊樹內閣解散，宮澤喜一成為新的內閣相。他知道現在的爪哇同未進行自治時的爪哇不同，現在的爪哇是華人資質，鑒於二次大戰中日本人同華人的仇恨，如果日本政府攻擊爪哇華人自治區，很可能造成中日兩國之間的關係生動蕩，他還不準備去觸這個黴頭。盡管東京還沒有徹底的平靜下來，千代田區的武裝分子還在，日本政府還是拍了三個師的兵力前往印尼，其中的一個師攻打蘇門答臘島，與已經在那裏的維和部隊會和，另外的兩個師攻打加裏曼丹島。拉加斯第一個表聲明，表示他領導下的蘇門答臘護會為了蘇門答臘的自由和獨立而戰鬥。並在三月一日，對日軍動了一次進攻，在給日軍造成了一定的傷亡之後撤走了。加拉斯的舉動給他帶來了很高的威望，他成為了很多印尼青年的偶像。
對於日本出兵印尼，世界各國都有不同的看法。中國政府表聲