短短的幾天，張格爾瘋狂地煽動宗教情緒與民族仇視，不斷招兵買馬加強攻勢。喀什噶爾附近清軍防線已無力再維持，舒爾哈善、烏淩阿等將領，甚至原先的代理喀什噶爾參讚大臣穆克登布等，都先後英勇犧牲。清軍殘部由慶祥帶領退守喀什噶爾漢城。此後，英吉沙爾、葉爾羌、和闐等地清軍，也相繼被張格爾叛軍包圍。這時由於聞知張格爾已得手，浩罕汗國也應邀派出3900名侵略軍趕來，企圖與張格爾平分秋色。兩股強盜合兵的結果，把塔裏木盆地西南緣一帶陷入了一片硝煙戰火之中。
18世紀以來，英帝國主義就開始把勢力的觸角伸向我國西藏、新疆地區，並積極物色和培植代理人。張格爾早年在喀布爾求學時；就與英國間諜有過往來。這次張格爾入卡時，就有20餘名英國特工尾隨而來，不僅為他充當政治與軍事顧問，而且負責為他輸送大批歐式軍械。在製定侵略計劃與訓練叛軍方麵，這些英國間諜是不遺餘力的。據西方史料披露，這夥間諜中，曾有5人身著當地百姓服裝，每天寸步不離地跟著張格爾。正是由於浩罕統治集團與英帝國主義給張格爾撐腰打氣，為虎作倀，才使得張格爾的叛亂能在短時間內得以迅速蔓延。
1823年7月22日，張格爾見清軍己退入漢城固守，便親自率兵先攻打回城。守在城中的是喀什噶爾維吾爾阿奇木伯克買買薩依提與原喀什噶爾阿奇木伯克郡王玉努斯。他們兩人調集數千維吾爾居民和士兵，與敵軍展開殊死搏鬥，浴血奮戰整整4天4夜，城門被敵人炸開，兩人同時為國殉難，上千維吾爾軍民戰死在敵人屠刀之下。
戰死的維吾爾勇士在喀什噶爾的曆史上，留下了他們不屈的身影與血染的風采。
張格爾攻陷回城之後，為保存實力，把攻打漢城的任務推給了急於爭功的浩罕侵略軍，並答應事成之後，可以割讓喀什噶爾為禮物，而且還能平分其他各城所獲的贓物。浩罕軍首領喜不自勝，而且也急於得到當年波羅尼都埋在“古勒巴格”(即當時的漢城)的所謂地下寶藏，同時又輕易相信了清軍不堪一擊的胡話，於是將麾下3000兵將齊策於漢城之下。
當浩罕軍隊搶先發動攻勢後，守在城中的慶樣將軍率清兵與內地各省籍商民共千餘人，衝出城外與敵軍接仗，一戰殺死敵軍800餘人，其餘受傷者不計其數。浩罕軍慘敗而退。
這時，張格爾才親自出馬，先用水攻不成，再用地道戰術，經數十天鏖戰，於9月26日終於攻進了漢城。喀什噶爾參讚大臣慶祥將軍誓死不降，拔刀自刎以身報國。
翌日，張格爾率大軍入城，宣布自己是“賽義德；張格爾；蘇丹”(即“聖人後裔張格爾國王”)。不久，喀什噶爾以南的所有地方，全部落入張格爾之手。
多年來蒙受清朝地方貪官和維吾爾伯克欺淩壓榨的喀什噶爾窮苦百姓，特別是其中的原白山派信徒，在張格爾起事初期，曾對這個所謂的“霍加後裔”抱有一些幻想，在單純的宗教感情支配之下上當受騙。
但張格爾一旦大權在握，就開始縱容浩罕侵略軍和自己的親信們，對當地人大肆搶掠。正如清朝史料記載的那樣；“淫虐婦女，搜索財物，其暴虐甚於從前和卓(按：即“霍加”)千倍萬倍。”而且，凡與清軍作戰，張格爾就用浩罕軍督戰，讓貧苦百姓上前受死，自己則坐享漁翁之利。如此一來張格爾開始失掉自己在當地人心中的正麵形象，加上不斷的戰亂使當地人更加貧困，當地百姓不再如叛亂開始時一般，支持張格爾的叛軍。
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