川蜀的義軍在宋軍的高壓之下，逐漸地轉入了弱勢，宋將楊瓊自夔州進軍，攻陷義軍占據的蜀州和鄧州。永康軍、永昌、導江、雙流、溫江、鄲縣等地的義軍也相繼遭到鎮壓。大蜀中書令吳蘊在七月間領兵攻眉州不下，仍在眉州一帶繼續戰鬥。十一月，宋軍來攻，吳蘊戰敗犧牲。張餘軍在嘉州，成為無援的孤軍了。十二月，宋軍自眉州引兵攻嘉州，大蜀嘉州知州王文*背叛農民軍降宋。至道元年（公元995年）二月，張餘被俘後壯烈犧牲。自成都失陷李順犧牲後，大蜀農民軍在張餘、吳蘊等領導下，轉戰東西兩川，堅持鬥爭十個月之久。隻是在宋朝一再派出重兵後，才遭到鎮壓而失敗。義軍號稱大蜀雄軍，在作戰中表現的頑強精神，確是極為雄壯而英勇！不愧“大蜀雄軍”的稱號！
張餘犧牲後，農民軍仍有一支隊伍隱蔽在山穀間，堅持抵抗。五月，義軍在王鸕鶿領導下再次起義，他們攻打蜀、邛二州，王鸕鶿占領邛州後，自稱“邛南王”，不久王鸕鶿戰死。王鸕鶿部雖然沒有再能取得重大的進展，但是他卻代表了農民群眾不屈不撓、前仆後繼的堅強意誌，很值得讚頌的，很值得肯定！
王小波、李順領導的義軍，從淳化四年（公元993年）青城起義到至道元年（公元995年）張餘嘉州被俘殉難。前後持續了2年多，他們的隊伍達到幾十萬人，幾乎占領了整個四川。在兩年多的時間裏，北宋王朝在四川的統治遭到重大打擊，幾乎到了土崩瓦解的地步，對北宋朝廷也產生很大的震動！他們的起義雖然時間不長，範圍不廣，但意義重大，影響深遠，是中國農民戰爭發展到一個新階段更為明顯的標誌。
這次起義猛烈地掃蕩了四川地區的世族豪強勢力，掃除了生產力發展的障礙。推動了曆史的進步，經過這次疾風驟雨的衝擊，四川地區世族地主遭到重大打擊，他們有的被殺死，有的被俘虜，有的成為義軍的階下囚，起義軍殺掉大批貪官汙吏和世族豪強，使他們在許多城市裏的住宅與收藏財產的“地窖”皆被鏟平！“害物贖貨輩，皆為白刃鑠，瓦礫積台榭，荊棘迷城郭”，世族地主的殘餘勢力受到了有力的打擊與清除！他們得到應有的懲罰！這就是進步，曆史地進步！
作為起義軍主力的旁戶，在起義中大都掙脫了人身隸屬關係的鎖鏈，獲得了人身自由，起義被鎮壓後。他們成為一般佃戶或“浮客”。與過去相比，他們雖依然遭受地主的壓榨，但是人身依附關係和以前相比鬆弛多了，他們社會地位地比以前也提高了許多，這樣－來他們就有較多的時間和自由來獨立經營自己的小農經濟。自耕農的數量相應地增加起來了。特別是一部分旁戶和城鎮貧民，在起義軍“均貧富”的過程中，分得一些財物，他們的生活條件得到了改善。這些對促進川峽地區生產關係的變化，推動生產力的發展，有佷大地積極作用的。這無疑推動了曆史的發展，這次起義完成了黃巢起義軍在四川沒有完成的任務，從這個意義上說，它是黃巢大起義的繼續與發展！