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實際上日本人建立台灣聯隊的初衷並不是為了攻打中國，而是因為從1895年日本占領台灣後，台灣人民包括漢人，閩人和番社土著不斷地反抗日本統治，日本前後派遣四個師團以傷亡三萬兩千人的代價曆經十年時間才逐漸平息了大股反抗，而股反抗依舊持續不斷。
第四任台灣總督兒玉源太郎上任之後，與幕僚後藤新平商議認為，當下靠日本人以武力強製統治台灣，日本需要花費太多的人力與物力，於是後藤新平提出以台治台的理念，即一方麵在台灣進行日本化去漢化，一方麵拉攏番社土人和明朝移民來的閩人打擊清朝中葉從福建移民到台灣的漢人，而在治理百姓方麵，他吸取了元朝的保甲製度連坐製度，殘酷鎮壓台灣百姓。最後，他建立了一支以土人和閩人為主的台灣聯隊，用以鎮壓顧反抗勢力，在這些人殺了漢人之後，他們將走向不得不繼續屠殺漢人的道路，從而將本來對抗日本的勢力發展成幫助日本的武裝。
兒玉源太郎的計劃得到了明治皇的支持，他被授予更加重要的權力，並負責指揮對沙俄的戰爭，從而主導了日俄戰爭。兒玉源太郎從台灣總督位置上辭職之前，晉升了後藤新平擔任台灣民政總長，第五任台灣總督佐久間左馬太到任之後，充分信任後藤新平，兩人合作三年之後，後藤新平擔任滿鐵公司董事長。
佐久間左馬太治理台灣期間並沒有改變兒玉源太郎的政策，他更加極力地進行台灣去漢化運動，並首次提出台灣人非中國人的概念，同時他還提出日本人應該娶台灣女子，等到十幾年後這些混血人將會成為台灣人，從而在血統上去中國化。
而關於建設台灣聯隊方麵，佐久間左馬太委任橫田羽次郎擔任聯隊長，增加了台灣聯隊的軍隊數量，大量的番社土著加入軍隊，而經過了十幾年的洗腦，不少閩人也忘記了自己漢人的後裔身份，轉而認為自己是日本屬下的台灣人。橫田羽次郎擔任聯隊長後，更加注重培養台灣聯隊戰士與漢人之間的仇恨，安排隊員們對於台灣反抗者進行殘殺，逼迫他們沒有退路，隻能僅僅依靠日本人。這些台灣聯隊士兵在手上沾滿了漢人的鮮血之後，漸漸地暫時忘記了自己曾經是一個中國人。
但是這一次進攻中國，台灣聯隊的士兵們心中多少還是有一些忌憚的，一來他們的對手可不是台灣島上孤立無援的漢人反抗者，而是正規的中國軍隊，二來盡管經過日本奴化，閩人們淡忘自己曾經是中國人，雖然這些閩人的祖先從明朝就來到台灣，他們雖然嘴上表示自己不是漢人不是中國人，但畢竟從父母就教導他們漢語寫漢字漢話，骨子裏對中國的情愫讓他們的情緒逐漸複雜起來。因此在登陸南通之後，一種非常奇怪的情緒便縈繞在台灣聯隊士兵之中，不上是厭戰還是懼怕，他們心中的情緒非常複雜。
日本軍官們意識到台灣聯隊中的奇怪氣氛，畢竟沒有了往日喧囂和胡鬧，而他們卻單純的認為台灣聯隊士兵是在麵對正規軍的時候產生恐懼，因此軍曹與教官們中國士兵是多麼的弱，多麼的懦弱，多麼的厭戰，尤其是對清政府的厭惡讓他們在麵對外國軍隊的時候大多數選擇了反戈一擊，所以對大家不必害怕雲雲。