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段祺瑞主動道歉，袁世凱間接道歉，化解了彈劾段祺瑞危機，暫時減緩了第一屆內閣政府的種種矛盾。盡管此間事了，可是從這件事上大家看出來王永安的能力，也看出來袁世凱與唐紹儀之間的矛盾，南方報紙開始大肆報道北洋內部矛盾，並聲稱袁世凱渴望獨裁統治中國雲雲，批評袁世凱是一個獨裁總統，不肯放權。
段祺瑞的篡越行為最終以失敗而告終，他得知前因後果，知道是王永安在背後搗亂，於是將這個仇恨記在了王永安頭上。
其後各部長開始陸續發布內閣十二部的組建聲明和人員結構，並陸續接管前朝的各種職能，農林部長陳其美拒不接受任職，他表示自己願意留在上海戡亂，防止有人趁機攪亂政府。陳其美是絕度不相信袁世凱的，他的軍隊也不願意接受陸軍部的整編。但陳其美耍了一個花招，他下令自己的部隊搖身一變成為警察，而警察一般都是歸地方政府管理，這導致了中央拿這個拒不上京的陳其美毫無辦法。最終袁世凱大怒，免除了陳其美工商部長一職，同時委任鄭汝成擔任上嗨督軍，隻讓陳其美擔任上嗨工商理事會主席。
工商部長既然被免職，那麼便空下拉一個位置，袁世凱授以唐紹儀提名蔣作賓擔任新的工商總長。這蔣作賓是武漢革命黨，與南京革命黨勢不兩立，此舉引起了南京革命黨的不滿，當袁世凱將委任書提交國會之後，立即遭到以南京革命黨人為首的國會的拒絕，國會未通過蔣作賓擔任工商部長。
國會的這一舉動進一步加劇了南京與武漢革命黨之間的矛盾，隨後袁世凱提議參議員劉揆一擔任工商總長，雖然劉揆一是鄂省人，但是他一直在南京，因此獲得了通過。劉揆一擔任工商總長之後，內閣十二部總算是湊齊了，隨後人事任命陸續頒發下來。
然而各部之中唯獨陸軍部的人事任命頒發得最慢，尤其是陸軍次長的委任書，也許是段祺瑞忘記了，也許是他有意為之，偏偏不給王永安頒發，以至於陸軍部各總署人事任命都頒發下來，獨獨王永安的任命書沒有。
大家都知道這是段祺瑞在報複王永安，紛紛替王永安擔心。可是王永安卻非常悠閑，每在京師四處遊玩，看不出半點的焦躁之情，反倒是段祺瑞急了。終於在唐紹儀批評陸軍部人事混亂之後，段祺瑞頒布了人事任命，王永安擔任陸軍次長，主持軍事教育與軍紀軍法管理工作，並派遣王永安立即前往保定陸軍士官學校整理混亂的校區。
王永安隨後派遣手下薑登選前往保定陸軍士官學校，然後故意來到陸軍部向段祺瑞報告，申請保定陸軍士官學校經費五十萬兩銀子用於改善軍校建設，氣得段祺瑞：“有五十萬兩銀子，我就能夠建兩個鎮的軍隊了。”
“辦什麼事兒不要錢呢，現在的軍校教學樓老舊，教具簡單，學生訓練環境奇差無比，如果再不改進，全國人民都會罵你這個陸軍部長無能了。”王永安故意道。