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陝西在清廷的掌控之中，使得川西要想向青海和甘肅兩省運輸武器裝備以及派遣人員的話，都得翻越高原才行，交通受到了嚴重的製約。好在川西這十多年來一直都在為戰爭做著準備，庫存的武器裝備非常多，足以裝備二十萬的軍隊了，加上現在齊江和成都的兵工廠都在開足馬力的生產武器裝備，倒也完全能夠滿足部隊的需要。
四月二十六日，川西軍副參謀長蔡雲在河洲主持了對馬家軍的整編工作，王毓澤以少帥的身份全程參加，並且表達了自己的建議，定下了這一次整編的基調。川西軍在青海和甘肅的高級將領也全部參與了這一次的會議，這將直接關係到他們的切身利益。
川西軍這一次成功的擊敗了馬家軍，拿下了甘肅和青海兩省，十萬馬家軍中，除了一部分戰死的，被俘虜的馬家軍超過五萬人，這還不包括先期已經整編了三個旅。川西軍將打算再次從俘虜中挑選出三個旅的兵力來。當然，每個旅的兵力和裝備，將完全等同於川西軍的旅級部隊。
在會議上，蔡雲宣布了巡閱使府的命令。川西軍除了之前新建的第十一旅，第十二旅和第十三旅之外，將建立第十四旅，第十五旅和第十六旅。其中，第十一旅的旅長而馬麒，副旅長為張樹森，參謀長為龔誌強。張樹森和龔誌強兩人是之前第十旅第二營的營長和副營長。他們兩人高升之後，第二營的營長將有石德友接任。第十二旅旅長為馬福祿，副旅長為徐川，參謀長為段永崢。徐川和段永崢之前是第十旅第六營的營長和副營長。第十三旅的旅長為馬正元，副旅長是岑智勇，參謀長是楊康順，也都是之前第十旅的軍官。第十四旅的旅長為馬國良，副旅長是陳元明，參謀長是劉俊賢。陳元明和劉俊賢是第四旅以前的軍官。第十五旅的旅長為馬毓良，副旅長是鄒雪風，參謀長是彭安國。鄒雪風和彭安國也是第四旅以前的軍官。第十六旅的旅長為丁忠明，原青馬軍的降將，副旅長是範子默，參謀長是餘建明。範子默和餘建明兩人，也都是第四旅的軍官。
這一次的整編，不僅僅是旅級主官的變化，還將打亂編製。把第四旅、第十旅和這六個新建的旅全部打亂，隨機分配人員。這樣可以有效的消除派係之分。缺點則是會讓部隊在短時間內喪失戰鬥力。不過，即便缺點很嚴重，但為了保證不再產生軍閥割據勢力，在新組建的軍隊當中清楚馬家軍的那種舊式氣息還是非常有必要的。
另外各旅所欠缺的武器裝備和炮兵等技術兵種，也將等候成都方麵的補充。成都方麵將從退役的軍人當中招募，有些補充這些剛成立的部隊。隻不過受製於交通的影響，要想補充完畢，恐怕也得需要兩個月的時間才行。好在部隊需要大量的時間整編，正好可以一邊整訓一邊等候武器裝備。
旅一級的整編隻是第一步。隨後將以這八個騎兵旅為基礎，建立兩個騎兵軍。這也是川西軍的第一個軍級單位。第一騎兵軍包括第四旅，第十二旅，第十五旅和第十六旅。軍長為原第四旅旅長劉誌業，軍銜晉升為少將，副旅長為馬福祿，仍兼任第十二旅的旅長，參謀長為郭德福，軍銜提升為準將。原第四旅的旅長由第四旅參謀長梁文華接任，軍銜提升到準將。軍部將由一個警衛營，一個偵察營，一個炮兵營，一個輜重營，野戰醫院和其他部隊組成。整個騎兵軍的兵力將達到三萬八千餘人。
第二騎兵軍包括第十旅，第十一旅，第十三旅和第十四旅，以及軍部的直屬部隊，總兵力同樣是三萬八千餘人。軍長由原第十旅的旅長趙博文擔任，軍銜晉升為少將，副旅長由馬麒擔任，同時馬麒繼續兼任第十一的旅長，參謀長有原第十旅的參謀長李卓擔任，軍銜晉升為準將。第十旅的旅長的職務，則有原副旅長紮西多吉接任，軍銜同樣晉升為準將。