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艾吉奧和叔叔馬裏奧回到了蒙特裏久尼，但這裏再度遭到聖殿騎士的攻擊，叔叔馬裏奧被殺，艾吉奧中槍逃走，金蘋果也再次落入了聖殿騎士手中。
艾吉奧來到羅馬，不斷地削弱聖殿騎士的勢力，奪回金蘋果的艾吉奧在蘋果的指引下，把它藏在了羅馬鬥獸場下的神殿，等待著五百年後某個人的出現。
艾吉奧穩固了刺客組織在意大利的勢力，將整個刺客組織發展壯大。在某次閱讀叔叔馬裏奧的文檔時，艾吉奧發現了一封他父親的來信，提及了一個隱藏在著名刺客阿泰爾出生地馬斯亞夫的秘密圖書館。
艾吉奧踏上了前往馬斯亞夫的旅途，經過了整整十個月的長途跋涉才最終抵達。但意想不到的是，迎接他的竟然是大批的聖殿騎士。在幻覺中，艾吉奧看到了一名白衣刺客，也就是宣傳G中的那一幕。
成功逃離後，艾吉奧詢問了被聖殿騎士劫持的工人，知道原來這些聖殿騎士也在尋找進入圖書室的方法。
在馬可·波羅的父親尼克羅·波羅書籍的指引下，艾吉奧不斷地搜尋馬斯亞夫的鑰匙，還在君士坦丁堡卷入了拜占庭王室的內部鬥爭之中。
這些馬斯亞夫的鑰匙從造型上來就是一張張散發著金光的圓碟，顯然是先行者們科技的產物，這其中也蘊含著阿泰爾的記憶，這些記憶是戴斯蒙之前也沒有見到過的。
原來，阿泰爾晚年在馬斯亞夫建立了一個圖書室，把自己的一生簡述給尼克羅·波羅。同時，阿泰爾把刺客們派遣到世界各地，因為阿泰爾刺殺了成吉思汗引來了蒙古軍隊的報複，所以阿泰爾把自己的密函、圖書室鑰匙等給予尼克羅·波羅這位探險家，並希望有朝一日，有一名刺客可以找到這裏。
在老宋以戴斯蒙的視角體驗這一切的時候，他的心情是複雜的。
艾吉奧成功打開了圖書室的大門，一路點燃牆壁上的火把。但，那裏麵卻是空空如也，隻有過了那麼多年依舊等待著的阿泰爾的遺骨。
在阿泰爾的記憶中，年邁的阿泰爾和自己的兒子道別，而後進入圖書室中，沉重的大門在他的麵前落下。
阿泰爾顫顫巍巍地向前走著，將牆壁上的火把依次熄滅，把自己的金蘋果妥善地藏好。
【坐下來休息一會兒。】
視野中出現了一行小字，阿泰爾摸索著房間中央的椅子顫巍巍地坐了下來，看著手中的馬斯亞夫鑰匙，仿佛陷入了沉思。
但，鏡頭一轉，已是四百多年後。
經過無數的波折和坎坷，這兩位最偉大的刺客大師，終於見麵了，以一種誰都沒有猜到的方式……
金蘋果亮起了光芒，在與先行者們接觸過這麼多次之後，艾吉奧明白了，自己隻是一個傳聲筒，他經曆了這麼多，都隻是為了讓戴斯蒙能夠通過自己的記憶，獲得先行者們的信息。
在遊戲的最後，戴斯蒙獲得了先行者們傳達的信息，原來在數萬年前，地球曾經遭遇過一次恐怖的災難，而這次災難直接導致了先行者文明的滅絕。而現在，滅世災難即將再度降臨，而拯救世的希望，完全寄托在了戴斯蒙的身上……