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目前在魔法帝國之內，梅林作為大執政官，擁有對所有軍隊的最高指揮權。而具體的工作，目前梅林比較仰仗的主要是溫德爾和曼施坦因這兩人，而這兩人，恰好一個是德西克人一個是聖何塞人。
魔法帝國是沒有禦前會議這種東西的，整體上來說，複辟了一千年前政治製度的魔法帝國，還是用的一種比較原始的組織形式，一切都以貴族等級的高低說話。梅林、亞瑟、艾爾比以及原本的幾大護～法，自然是魔法帝國內位高權重之人，其餘的魔法師各有分封。
這之間唯一的例外就是以溫德爾、曼施坦因為首的一眾投誠軍官。按照魔法帝國憲章，像他們這樣的沒有魔法能力的人，是不可能獲得魔法帝國貴族身份的。但由於手下的魔法師缺乏能夠統軍之人，梅林和艾爾比，又不得不暫時借助他們的能力。
也正是因為如此，在新魔法帝國的軍隊中出現了相當搞笑的一幕。論職位，無論是溫德爾還是曼施坦因，他們都是各自軍隊的最高指揮官；但論爵位，可能他們手下某個團裏的小魔法師，就是魔法貴族身份。
如果路上遇到，小魔法師要先要向軍隊長官行軍禮；然後，軍隊長官們要向他們行魔法師禮，以示對魔法和魔法帝國的尊重。
好在，不知道誰將這個情況彙報給了大執政官梅林，也許是為了籠絡軍官們的人心，梅林終止了這一奇葩的舉動，並規定，將軍們擁有等同於魔法貴族的身份。
而魔法帝國的軍銜體係，基本上就是照搬了原聖何塞的體係，畢竟在這一點上，他確實不太了解。梅林的親傳弟子蘭蘭法師和艾爾比都有重大的工作要做，而出身聖何塞貴族世家、曾經有過一定軍事經曆的曾經的東方護~法、現在的布萊克魔法公爵，就成了可供選擇的不多的軍事人才。
在京都城內，梅林組建了魔法帝國軍事參謀部，這其實也是照搬了聖何塞原先的製度，布萊克親任參謀總長，然後他網絡的一幫落魄貴族、投誠貴族就加入到參謀部來幫助籌謀軍事。全魔法帝國的軍事力量現在都歸參謀部所有，參謀總長布萊克魔法公爵向梅林大執政官直接彙報。
在參謀部的領導下，溫德爾將軍、曼施坦因將軍、蒙哥馬利將軍這樣的人，才是真正統兵打仗的人。布萊克在參謀部所有成員的精心策劃下，將目前魔法帝國在南方的軍事力量，也就是多達二十萬人的南方軍團，分為了三個大的軍團。
溫德爾將軍、蒙哥馬利將軍各自率領一個數量達到八萬人的兵團，分別為帝國第一兵團、帝國第二兵團。每個軍團又由五個軍組成，分別為帝國第一軍到帝國第十軍。另外就是京都城內由曼施坦因領導的近衛軍團，足足有五萬餘人。主要是由他自己的德西克騎兵外加在莫羅河畔俘虜的德西克士兵組成。這些人反而掌控了京都城的防衛工作。
後世的曆史學家在研究的時候非常奇怪的一點，就是梅林大概是害怕聖何塞人所以才選用了德西克人作為自己的近衛，可是誰又能說德西克人不恨他呢。百思不得其解的曆史學家不得不用魔法的原因來解釋這件事，也許，梅林給這些軍人都中了傀儡術了吧。
整合完的軍隊也有各自的任務。熟悉西部軍務的溫德爾將軍負責商盟前線的進攻，他將率領他的第一兵團前出商盟，在適當的時機發起進攻。事實上，之前對商盟進行試探性進攻的軍隊就是溫德爾安排的。而蒙哥馬利將軍則率領他的第二兵團駐紮在廣闊的聖何塞腹地。他的軍隊分散的比較開，主要負責地方守備，也就是那些還不接受魔法帝國統治的貴族、平民以及躲藏在山林間的其餘聖何塞士兵。
而在亞瑟會首統治下高度自治的魔法帝國-德西克地區，則同樣在進行自己的軍事改編，隻不過，由於北方地廣人稀，內亂中又殺了太多人，一時之間，亞瑟隻能在北方湊出不過區區八萬人的常備軍。這一數量甚至還比不上峽穀西側的德西克派遣軍。
隻是，魔法師，還是魔法師。魔法師的存在，讓一支數量僅有自己一半的軍隊，變得恐怖異常。德西克派遣軍在峽穀西側按兵不動已經數月，佛洛裏安和吉姆簡直即使騎虎難下。商盟不接受他們，魔法帝國敵視自己，國內的反抗勢力（注1）又要自己接受改編，真的是頭疼。
注1：即貝茲莫爾大公和伊麗莎白在北方的勢力。