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哈林死後，其弟吐*番總督入繼大統，在任時，也將其弟阿都剌因派駐吐*番為總督，又分其諸子孫鎮守各地，從而建立起自己家族統治。
不過在其死後，其子阿黑麻速檀繼承汗位後，形勢卻急劇逆轉，因為阿黑麻速檀並非長子，與蒙古傳統的長者為汗原則相背離，汗國開始動蕩。
在此期間，東部的阿都剌因火中取栗，向西擴張，奪取了焉耆等地實際控製權，公開稱汗，與侄子對峙。
此後王族大亂鬥，在各地擔任總督的王族們你攻我伐，上演了一出葉爾羌汗國的八王之亂。
六十年間換了九汗，在位最短的一位汗隻當了九天，還有一位汗在被趕下汗位後，時隔三年還上演了一出王者歸來，奪回汗位，又當了三年。
葉爾羌汗廷內亂不止，反倒是東部的阿都剌因趁這機會安心發展，他加強與明朝的友好往來，使的西部如水火，東部卻欣欣向榮，在位四十年，使的東部實力大增。
崇禎八年，阿都剌因去世，其長子阿不都拉哈汗繼位，利用其父四十年積聚，率兵西征，攻克阿克蘇，再占領了葉爾羌等重鎮，重新統一汗國，然後還北上打敗了瓦剌人的進攻，並向西部發兵遠征並大獲全勝，擺脫了長期受吉利吉斯人控製的局麵。
他在位期間，利用蘇菲派滲透影響大明的河西走廊，發展貿易同時，保證東邊安穩，然後全力與衛拉特蒙古等鬥爭，甚至數次西征安延集等。
在位十五年，葉爾羌有中興之勢。
不過雖然表麵一統汗國，但汗國不僅是王族內鬥嚴重，而且早就陷入了嚴重的教派鬥爭中。
早在阿布都裏木汗時期，蘇菲派開始進入葉爾羌，阿布都裏木汗之子馬黑麻汗繼位後，黑山派和卓受到汗王大力支持，在葉爾羌迅速發展，隨後，白山派也進入葉爾羌。
兩派矛盾尖銳，甚至發生血腥廝殺。
白山派與黑山派本是同族、同宗、同教，隻是由於所屬派的不同、觀點的差異，長期處於對立狀態。兩派由爭奪教權開始逐漸轉變為政治鬥爭，白山派與黑山派的創立者都是來自中亞的納合西班底耶教團的教*瑪合圖木·阿雜木和卓的後代。
隨著和卓勢力的崛起，兩派在葉爾羌汗國內發揮著重要作用，並在世俗統治者地支持與扶植下，不斷發展壯大，逐漸成為一股影響汗國政局的強大政治勢力。
瑪合圖木·阿雜木及其和卓家族的興起，對葉爾羌汗國政治格局產生了很大的影響。隨著兩派鬥爭的不斷加劇，葉爾羌汗國的政教關係也變得更複雜。
起初，葉爾羌汗國需要利用*教的特殊作用，維護和鞏固自己的統治地位。隨著勢力的增強，汗廷逐漸被伊勢力左右。
在葉爾羌汗國建立之前的很長一段時間裏，伊教在天山的控製權都集中在額什丁和卓家族的手中。其家族由於勸導禿黑魯·帖木兒汗皈依有功，一直操縱著汗國內的各種教事務，額什丁家族勢力得到較快發展。
葉爾羌伊教製度就是導師製，汗廷用這種製度和伊上層建立起彼此聯係，有聲望的導師往往又是伊教首領，不僅能吸引眾多教眾，而且在世俗統治者中也有極大的影響力。
說到底，就是葉爾羌汗國統治者與伊上層的各取所需。
葉爾羌實行瓦合甫土地製度，也為和卓勢力的興趣奠定了物質基礎，發展到後期，大量的土地和財富都集中到了伊與和卓手裏。
他們有聲望有地位還有財富，可以說已經為推翻取代葉爾羌汗王的統治奠定了基礎，有能力建立起正叫合一的國家。
葉爾羌嚴重的內訌動蕩，本就是這些和卓們把持朝政、操縱世俗正權導致的，時局越動蕩，又反過來為他們奪權謀利提供更大便利，於是乎惡性循環。
到現在，葉爾羌境內的大小和卓們，已經可以說是淩駕在汗王之上的中叫封建主兼世俗封建主，他們的目標明顯有幾分想學喇薩那些喇嘛們，想建立家族、****的和卓正全。
現在葉爾羌汗國裏，雖然是來自東部的總督統一了汗國，但和卓們的勢力已經極為強大，神王合一的諸侯領主。
阿不都拉哈汗雖然統一了汗國，把西部嫡係那些族人幹翻征服，但和卓們卻沒受什麼影響。
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