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當初朱以海沒直接趁勝追擊，一路北伐滅韃子，也是考慮到他們逃出關外後，實力還挺強，當時科爾沁等不少蒙古、女真部落也都還依附跟從著滿韃。
朱以海也就力拒群臣的追擊建議，先安定關內，然後聯姻蒙古，通商互市，招撫蒙古、女真諸部，徐徐推進。
最終把滿韃的盟友大都拉了過來，一麵是與蒙古女真結盟聯姻互市，一麵卻封鎖滿韃困虜，再加上明軍的徐徐北上推進，不斷修建驛站、堡壘，實行堡鏈推進戰術，不斷的壓縮滿韃的活動空間，特別是瓦解他的同盟。
幾年的時間下來，明軍看似沒有直接大軍北伐，可效果卻依然極好，滿虜現在已經窮困萬分，尤其是錦衣衛的瘟疫計劃更狠。
直接通過走私的方式，把一些帶有天花疫病的毯子、布匹、衣服等輸入到韃子占據的呼倫貝爾草原，還嫌天花不夠，又把帶有鼠疫的衣物、糧食等運到那邊傳播。
這些可都是極為致命的瘟疫，大明末年山西、直隸、北京等地反複的天花、鼠疫，帶走了數百萬北方大明人。李自成拿下北京前，北京正爆發大鼠疫，死亡日以萬計，民謠，東死鼠，西死鼠，人見死鼠如見虎。鼠死不幾日，人死如圻堵。
崇禎14年始，大名府瘟疫大行，人死十之五六，歲大凶。廣平府大饑疫，人相食。京師大疫，天津大疫。河南全省大疫，開封府陽武縣死者十九，滅絕者無數。榮陽，民死不隔戶，三月路無人行。
甚至攻下北京城的闖軍，那麼快就敗於建虜，有很大一部份原因就是他們也染上了鼠疫，造成了順軍戰力大減，加上一些戰略失誤，導致他們最終的大潰敗。
雖說草原上人口不如崇禎明北方大城市那麼密集，但草原上也一樣會發瘟疫，傳染起來也一樣厲害。
清軍在崇禎末年幾次入關劫掠時，也曾有不少清軍感染天花、鼠疫而亡，甚至有宗室大將染疫死亡的。
利用瘟疫敗敵，其實在戰爭史上並不新鮮。
當年蒙古西征，卡法城憑堅城拚死抵抗，蒙古軍久攻不下，這座小城硬是堅守了一年多都沒攻下，蒙古人惱怒之下，用投石機向城中投射屍體，這些屍體都是染鼠役而死的士兵屍體。
卡法城最終被鼠疫而破，並且鼠疫還隨著城破逃跑的居民擴散到了意大利，隨後蔓延至英法和西班牙，最終籠罩了整個歐洲，這場短短六年帶走歐洲兩千多萬人的瘟疫，被稱做黑死病，奪走了整個歐洲三分之一人口。
明末的天花、鼠疫等瘟疫，加上因此帶來的饑荒，同樣奪去了上千萬人口。
錦衣衛在呼倫貝爾草原推行瘟疫計劃，非常機密，知曉的人並不多，這個行動上報朱以海，他也曾猶豫過。
使用這種戰術太過殘酷，可最終他還是同意秘密實行，戰爭本就沒有仁慈可言，早點結束戰爭，就是最大的仁慈。
錦衣衛在呼倫貝爾秘密展開計劃，傳播擴散瘟疫，這種有針對性的故意散播，使的建虜各部都迅速爆發瘟疫，傳播極快。
麵對瘟疫，此時退到呼倫貝爾草原的建虜，本就有些窮困缺醫少藥，一時難以應對來勢洶洶的疫情，結果錯失了最佳的防範補救機會，瘟疫徹底爆發，肆虐呼倫貝爾，韃子新建的上都滿洲裏，更是淪為地獄。
人死如燈滅，跟吹蠟燭一樣的死去。
一場大瘟疫，肆虐了快一年，韃虜死掉了三分之一，他們退往關外時擄去了不少人馬，還有百萬人口，但隨著局勢不利，許多脫離的、逃跑的，加上這場大疫，最後隻剩下了不到十萬帳。