沈葆楨任兩江總督後，還不時關心著台灣的開發和建設。
光緒三年（1877年），丁日昌奏請在台灣興修鐵路，開辦礦務等事，沈葆楨給予全力支持。
自沈葆楨始，後經丁日昌、劉銘傳等人的努力，台灣社會經濟迅速發展起來。
沈葆楨為籌辦台灣海防，先後渡台兩次，是在台灣興辦洋務第一人，也是大規模開發和建設台灣東部第一人。
沈葆楨是個愛國、清廉的洋務派官員，也是為國為民盡力尋求自強之路的有識之士。
他民族自尊心極強，堅決抵抗外國侵略者，直至臨死前，他所極力主張建立以鐵甲艦為核心的外海水師仍未能籌辦，他在遺疏中還指出“事關呼吸，遲則噬臍。”
他為中國近代海防建設作出的不懈努力，應該得到充分肯定。
南昌教案
沈葆楨在江西任內，曾經處理著名的南昌教案。
1860年《北京條約》簽定後，傳教士在中國擁有了“傳教寬容條款”。
條約規定：
“將前謀害奉天教者之時所充之天主堂、學堂、塋墳、田土、房廊等件應賠償。”
而在外國的文本中，法國傳教士孟振生私自在漢文本條約中又增加了“任法國傳教士在各省租買土地，建造自便”。
根據利益均占的原則，其他各國也相應獲得了偷來的這條權力。
教案的發生，大而言之，是中西文化的衝突，具體論之，則是教堂對中國財產的巧取豪奪和包庇教民。
中國的地產權利是中國民眾最要害的一項權利，教堂要自養、自傳，必然要與中國農民爭奪土地，由此發生直接的衝突。
而教堂對一些作奸犯科的部分教民，采取包庇的態度，也幹涉了中國司法的完整。
上述兩個原因，都會導致民眾和士紳聯合起來，反對教堂。
1861年末，法國拉撒路會的羅安當被指派為江西主教，根據不平等
條約，他準備收回在南昌曾經被沒收的天主教的財產。
同時，他還想擴大教堂的規模，並興建一所育嬰堂。
當他的中國助手方安之到南昌、買下筷子巷的一所房屋作為育嬰堂的時候，南昌以及湖南的士紳們就一哄而上，發布了當時廣為流傳的《撲滅異端邪教公啟》。稱：
“乃有奸民羅安當、方安之，倡行邪教，煽惑愚民，甚至采生折割，奸淫婦女，錮蔽兒童。”
號召人民：
“鋤頭扁擔，盡作利兵；白叟黃童，悉成勁旅。”
對於中國教徒，一經發現，號召“不必稟官，公開處死，以為不敬祖宗，甘心從逆者戒……”
此次教案，規模宏大。
在南昌，聚集了數千參加科舉的學生，發誓要捍衛中國傳統儒家道統。
1862年3月15日沈葆楨上任，但他拒絕接見羅安當。
3月17日，憤怒的民眾搗毀了育嬰堂，砸爛了屬於教徒的店鋪和房屋。
沈葆楨得知此事後說：
“夷人逞誌於我久矣，不虞吾民之藉手以報之。”
而羅安當和方安之於慌亂之中逃跑。
羅安當一路跑到了北京，向法國公使節哥士耆稟告了南昌的情形，後者向總理衙門提出了賠償事宜。
急於尋求法國支持助剿太平天國的朝廷，遂命令沈葆楨處理此事。
沈葆楨說“當時不暇致詳”，而今“誘之以利，怵之以威，百計推求，仍無端緒”，表示無法處理此案。
直到次年一月底，總理衙門經過和法國的談判，決定派人護送羅安當回南昌，再次命令沈葆楨親自接見羅，並給法國人賠償7萬兩。
羅安當還沒有回到南昌，南昌的民眾再次聚集群起攻之，致使羅安當返回九江談判。
經過協商，羅安當放棄了在南昌的教堂和育嬰堂，並且把賠償從7萬兩減至1.7萬兩。
沈葆楨在日後說：
“以中國之心思通外國之技巧，可也；以外國之習氣變中國之性情，不可也。”
可見其支持反對傳教之理由是為了中國道統的完整。
他還以堅強的口吻表達了決心：
“雖然，辦理不善之咎，我輩自任之，幸勿作緝捕論也。”
自此後，中國的教案不斷發生，終於發展成為19世紀末的義和團運動。
人物故居
沈葆楨故居位於宮巷26號，始建於明代天啟年間，數次易主。
清同治年間，沈葆楨購置這座大房屋，加以修葺居住。
現為沈家後裔的住宅，是清代福州典型官宦人家大院。