["陶侃同意了毛寶的建議，便給溫嶠軍隊補充了軍糧。
然後毛寶果真順利地帶兵燒毀了蘇峻在句容、湖孰積囤的軍資、米糧，造成了蘇峻軍隊缺乏糧食和軍需物資的局麵，也解除了陶侃退兵、討伐軍分裂的危機。
不久，蘇峻派韓晃和張健攻打郭默守的大業壘。當時大業壘在圍困之下十分缺水，人都被逼飲用糞水。麵對如此困境，作為主將的郭默因為畏懼而偷偷出走，隻留下兵士守衛。
在京口的郗鑒軍聽說作為京口屏障的大業壘被攻打都很驚慌，紛紛要求後退到廣陵。郗鑒堅決不同意這個意見。他說：“我們這兩道防線直接關係到京師討伐軍的安危，大業壘即便被攻破，還有我們京口這個屏障呢，所以我們一定要堅守。”
陶侃見大業壘情況危機，打算營救大業壘，但陶侃的長史殷羨說：“咱們的水軍不孰悉步戰，一旦營救失敗就會令討伐軍陷於劣勢，不如我們來個圍魏救趙，直接攻擊石頭城，讓韓晃等自動退還以援救石頭城。”
陶侃說道：“此計甚妙！”便率水軍向石頭進攻，
328年（鹹和三年）九月，溫嶠在白石修建行廟，大設壇場，祭告皇天後土、祖宗之靈，溫嶠親自宣讀祝文，宣布向蘇峻叛軍進行最後的決戰。他語氣激昂，淚流滿麵，三軍將士都不敢抬頭觀看。
召開了誓師大會，庾亮、溫嶠、趙胤等率步兵萬人從白石南下出戰，進逼蘇峻主力。蘇峻與匡孝率領八千人進擊，蘇峻令兒子蘇碩和蘇孝帶數十名騎兵迫近趙胤，打敗了趙胤軍。
蘇峻看見趙胤敗走，便說：“蘇孝能攻破賊兵，我還不如兒子蘇孝嗎？”便離開部眾，帶領數名騎兵北上突入敵陣，但沒有成功。蘇峻準備回奔白木坡，但座下戰馬突然原地打轉，不肯前行。見此情景，溫嶠的牙門將軍彭世、李千等紛紛用長矛向蘇峻投擲。蘇峻從馬上墜落而死。討伐軍兵士一擁而上，將蘇峻的屍體斬首分割，並點燃焚燒了屍骨。
蘇峻死後討伐軍軍心大振，而蘇峻軍喪失鬥誌，紛紛潰散。任讓於是立蘇逸為主，閉城自守。管商和弘徽攻打庱亭壘，但被擊敗，管商於是向庾亮投降。
趙胤在另一方麵派甘苗攻擊在曆陽的祖約，祖約於是乘夜帶左右數百人北逃到後趙，石勒雖然收留了他們，但是也等於是把他們軟禁起來了。
溫嶠在蘇峻死後設立行台，命令全國二千石以下故吏到行台集合。然後召開動員大會，號召各地行動起來，剿滅叛軍殘餘。隨後討伐軍向叛軍展開反攻。
（329年）正月，陸曄和尚書左仆射陸玩遊說匡術以苑城歸附，匡術答應，陶侃於是命毛寶和鄧嶽守城。
叛軍派韓晃來進攻。毛寶登上城牆射死叛軍幾十人。
韓晃衝著城牆上向毛寶喊道：“莫非你就是毛廬江嗎？”
毛寶說：“正是。”
韓晃說：“哈哈，你以勇猛無敵聞名，何不出城跟在下決鬥呢？”
毛寶說：“你如果當真是員猛將的話，就請進城來吧，末將陪你玩玩！”
韓晃笑著退走了。
右衛將軍劉超和侍中鍾雅與建康令管佩等密謀帶晉成帝投奔西軍，但計謀敗露。蘇逸於是派任讓領兵入宮收捕劉超和鍾雅。此時成帝抱著二人不放，哭著說：“不得傷害我的侍中、右衛！”但任讓還是帶走並殺害了這二人。
329年二月，官軍向石頭城進攻，大敗蘇逸軍隊。溫嶠臨陣斬殺蘇碩，晉西軍又擊殺蘇逸，晉成帝乘機逃出宮城，投奔溫嶠。
成帝脫險後來到溫嶠船中。群臣見到皇帝，無不下跪痛哭流涕。庾亮也屈膝下拜，以額伏地，泣不成聲。
第二天，庾亮晉見皇帝，又頓首至地，並請求辭官回家。帝不允許，派遣尚書侍中持手詔安慰庾亮：“這是社稷之災，國家之難，並非舅舅的過錯。”隨後殺叛臣西陽王司馬漾並其二子及彭城王司馬雄。
任讓原來跟王導關係不錯，王導建議寬恕任讓。成帝說：“就是先前殺我右衛劉超和侍中鍾雅的那個小子嗎？絕對不能饒恕！”於是當即將他處死。叛軍將領張健、韓晃、馬雄等人也被郗鑒軍誅殺。至此，蘇峻、祖約叛亂全部平定。